Escrita Científica

Nos últimos dias eu tenho falado com algumas pessoas sobre escrita científica, os avanços tecnológicos na última década e como vários cientistas ainda ignoram essas novas tecnologias.

Nesse post você vai descobrir quais são essas tecnologias.

arXiv

Screenshot of arXiv website

arXiv “é um serviço de impressão eletrônica no campo da física, matemática, ciência da computação, biologia quantitativa, economia quantitativa e estatística” (tradução da definição presente no site) financiado por Cornell University Library, Simons Foundation e outros.

No arXiv é possível publicar pre-prints em acesso aberto, i.e. qualquer pessoa pode ler seu trabalho de graça, de forma gratuita.

Anne Gentil-Beccot, Salvatore Mele e Travis C. Brooks já mostram que a publicação de pre-prints aumenta o número de citações de um trabalho.

Gráfico com média de citações.

Gráfico retirado do trabalho de Anne Gentil-Beccot, Salvatore Mele e Travis C. Brooks disponível em http://arxiv.org/abs/0906.5418.

Citações acumuladas.

Gráfico retirado do trabalho de Anne Gentil-Beccot, Salvatore Mele e Travis C. Brooks disponível em http://arxiv.org/abs/0906.5418.

Se o arxiv não aceita trabalhos na sua área, existem vários outros, e.g. http://www.biorxiv.org/.

Authorea

Screenshot da página inicial do Authorea.

Authorea é uma plataforma online para escrita colaborativa. Plataformas online para escrita colaborativa é algo velho na internet (o Google Docs começou em 2005) mas o número de opções que oferece funcionalidades para a escrita científica, i.e. suporte a equações matemáticas, referência cruzada, citação e referência bibliográfica, é bem limitado.

Além do Authorea oferecer todas as funcionalidades para a escrita científica, ele também oferece

  • suporte a Markdown e LaTeX,
  • suporte a Endnote, Mendeley e Zotero, e
  • controle de versão via Git.

Mas a melhor parte é que ele foi feito pensando na web. Depois que você terminou de escrever você só precisa tornar público seu texto que ele será disponibilizado em HTML (isso permite visualizações interativas) e seus leitores podem comentar seu texto. Como periódicos ainda não migraram para a web, você pode baixar o texto em PDF, Word, LaTeX e ZIP.

Nota

Para aqueles que precisam utilizar LaTeX as opções são ShareLaTeX, que possui o código livre, e Overleaf .

IPython Notebook e RMarkdown

Screenshot do IPython Notebook disponível em http://nbviewer.ipython.org/gist/fonnesbeck/2352771.

No caso da sua pesquisa depender de resultados computacionais você provavelmente já ouvi falar do IPython Notebook e do RMarkdown. Ambos são dois novos formatos de arquivos para programação literária que a cada dia ganha mais usuários.

Se você escrever seu texto em um desses novos formatos você pode, sem muita dificuldade, convertê-los para HTML, PDF, Word e LaTeX utilizando o Pandoc.

Git + GitLab ou GitHub

Screenshot do primeiro capítulo da dissertação de Elita Baldridge disponível em https://github.com/ethanwhite/sad-comparison/blob/master/chapter1.md.

Git é o estado da arte em controle de versão. A maior parte dos usuários começaram a utilizá-lo para versionar algum software que estavam desenvolvendo e acabaram adotando-o para qualquer outro projeto que estejam trabalhando pois ele ajuda a coordenar o trabalho de uma equipe.

Em termos de colaboração, o GitHub tornou-se a principal plataforma utilizada e tem investido bastante para o uso por pesquisadores, e.g. agora ele oferece pré-visualização para IPython Notebook, é otimizado para grandes arquivos binários e lhe possibilita obter um DOI.

GitLab

Se você deseja utilizar uma solução baseada em software livre, o maior nome hoje é o GitLab.

Open Science Framework

Screenshot de "Implementing Reproducible Research" no Open Science Framework, disponível em https://osf.io/s9tya/.

No Git, o usuário tem total controle sobre as versões e que informação é transmitida de uma cópia para outra. Embora isso seja importante para algumas pessoas o preço a ser pago é um pouco alto (“nada” é automatizado no Git) e por esse motivo algumas pessoas desejam utilizar algo que seja um pouco mais automatizado em detrimento de um menor poder de controle.

Quando Git não é uma opção, uma alternativa é o Open Science Framework.

Conclusões

A tecnologia para escrita científica colaborativa, que não envolva trocar PDF/DOC por email, já está disponível para uso. A única coisa que falta são os pesquisadores testá-las e adotá-las nos seu dia-a-dia.

Treinamento

Uma das barreiras para a adoção de uma nova tecnologia é os novos usuários serem treinados para utilizá-la. Em termos da escrita científica colaborativa e das tecnologias aqui listadas, a Software Carpentry tem feito um ótimo trabalho.